滞留发票一般是指销货方对购货方开具增值税专用发票，而购货方由于种种原因在规定期限内（180日）未将增值税专用发票认证及抵扣的增值税专用发票。
为降低税收风险，税务机关会构建滞留发票风险模型，对购货方取得的增值税专用发票未在180天内认证（而销售方已抄报税），且税额>0的纳税人进行纳税评估。税务机关认为滞留发票存在以下疑点：
1、账外经营
部分纳税人隐瞒收入，采取购进货物和销售货物均不入账的手段偷逃税款，对取得的进项专用发票不进行认证抵扣，形成滞留发票。
2、不慎丢失
部分财会人员将进项发票不慎丢失，为避免担责，未向企业财务等有关部门报告，形成滞留发票。
3、不可抗力
出现地震、洪涝灾害或者持有未认证的增值税专用发票财会人员忽然死亡等客观情况，形成滞留发票。
4、买卖纠纷
销售方发票虽已开具但因合同纠纷（如：购货方未支付货款等）不予交付，造成购货方超期未认证形成滞留发票。
5、未达要求
购货方虽改为一般纳税人，但在小规模纳税人期间取得的增值税专用发票不能抵扣。
6、不予抵扣
购进免税货物取得的增值税专用发票不得认证；购进货物用于非应税项目的专用发票不得认证。
7、用途改变
购货方取得增值税专用发票后，在专票认证前将货物用于非应税项目，如发放职工福利等行为，自行将该发票不予抵扣认证，导致出现滞留发票。
企业存在滞留增值税专用发票该如何处理？
1、企业因偷税漏税行为形成的直流发票，税务机关开展税务稽查，企业承担相应的法律后果；
2、因发票遗失形成滞留发票：企业登报作废，接受税务机关相关处理，同时承担相应后果；
3、因不可抗力形成的直流发票应在不可抗力消除后，立即上报主管税务机关，待审核完毕后，允许纳税人继续抵扣；
4、因买卖纠纷（如：购货方未支付货款等，销售方不予购货方发票）形成的滞留发票购货方在拿到增值税专用发票的同时，立即上报主管税务机关，待审核完毕后，允许纳税人继续抵扣；
5、购货方对在小规模纳税人期间取得的专票，要求销货方重新开具普通发票；
6、购进免税货物取得的增值税专用发票、购进货物用于非应税项目的专用发票购货方先认证后作进项转出。
如何避免形成滞留发票？
1、学习税法，了解增值税发票相关政策，对不属于进项抵扣范围的，根据情况换开增值税普通发票或者先认证后转出。
2、若遇见不可抗力、经济纠纷等情况应及时上报当地税务机关，避免疑点产生。
3、诚信经营，依法纳税！当然，税务机关也应该良知监管，依法征税。